Er zijn twee aspecten waarmee rekening moet worden gehouden: lang bewaard fruit en fruitresten. Fruitvliegen kunnen tevoorschijn komen uit lang bewaard fruit als de volwassenen eieren op het fruitoppervlak leggen, die uitkomen in larven en zich na verloop van tijd ontwikkelen tot volwassenen. Fruitresten kunnen ook fruitvliegjes aantrekken als er gist in zit, wat ze van ver kunnen voelen. Bovendien kunnen fruitvliegjes gemakkelijk huizen binnendringen via kleine gaatjes in raamhorren. Om fruitvliegjes te bestrijden, kunnen vallen met aas en plakborden effectief zijn.
